Một ngày nọ, một người phụ nữ thuộc gia tộc Ninja Hesogakure đến tìm gia đình Shin-chan và nói rằng cậu nhóc đã bị tráo đổi từ khi mới chào đời, cô ta mới chính là mẹ ruột của cậu. Shin-chan theo Chiyome Hesogakure đến ngôi làng Ninja, tập luyện để trở thành một Ninja thực thụ. Tại đây, Shin-chan được biết về bí mật của “Rốn Trái Đất”, thứ mà các Ninja hết lòng bảo vệ. Nếu như nút chặn bị tuột ra, toàn nhân loại sẽ rơi vào thảm kịch. Nhóc Shin và gia đình sẽ phải làm gì để bảo vệ tương lai của thế giới và của chính họ? Bí mật đằng sau thân thế thực sự của Shin-chan là gì?