Phần phim này kể về vài năm sau Sự Kiện của Movie [ Kizuna ] - Khi 1 quả DigiEgg khổng lồ xuất hiện, chuyện gì sẽ xảy đến trên toàn Thế Giới.... Trong khi họ đã dấn thân vào con đường riêng của mình, Daisuke và các "DigiDestined" khác cùng cộng sự Digimon của họ vẫn bị ràng buộc với nhau bởi cùng một mối liên kết. Rồi một ngày nọ, một Digitama khổng lồ bất ngờ xuất hiện trên bầu trời Tokyo Tower và gửi một thông điệp tới thế giới. "Cầu mong mọi người trên thế giới đều có bạn bè. Cầu mong mỗi người đều có một Digimon." Điều này đã tạo ra kết nối giữa quá khứ và hiện tại, cuộc khủng hoảng lớn nhất trong lịch sử Digimon chính thức bùng nổ.