Thân vương quốc Zeon đang có chiến tranh với Liên bang Trái Đất. Vào ngày 18 tháng 9 năm 0079, Trung tá Char Aznable của Zeon dẫn đầu một cuộc đột kích vào thuộc địa không gian Side 7. Tại đó, anh phát hiện vũ khí mới của Liên bang Trái Đất, RX-78-2 Gundam, bị bỏ lại. Anh quyết định đánh cắp nó cho riêng mình, khởi đầu một chuỗi sự kiện như hiệu ứng domino, làm thay đổi lịch sử mãi mãi. Năm năm sau, tại thuộc địa độc lập Side 6, một cô gái Newtype trẻ tuổi vô tình bị cuốn vào cuộc truy tìm RX-78-2 Gundam mất tích. Chẳng bao lâu sau, những sự kiện liên tiếp đẩy cô vào buồng lái của mẫu Gundam thử nghiệm mới, GQuuuuuuX, và tham gia vào các giải đấu chiến đấu mobile suit ngầm. Cùng với những người bạn mới, cô cố gắng hiểu sức mạnh kỳ lạ của mình và tìm kiếm vị trí của bản thân trong thế giới, mơ về bầu trời nơi cô có thể tự do bay lượn.