Năm 2029, công nghệ đã phát triển đến mức người máy sinh học trở nên phổ biến, còn bộ não con người có thể kết nối trực tiếp với Internet. Thiếu tá Motoko Kusanagi là sĩ quan thuộc Đội 9 - một đơn vị cảnh sát tinh nhuệ và bí mật, chuyên thực hiện các nhiệm vụ đặc biệt, bao gồm chống khủng bố và tội phạm mạng. Hiện cô đang truy lùng Bậc thầy Điều khiển, một tội phạm mạng có khả năng xâm nhập vào não của người máy sinh học để đánh cắp thông tin và thực hiện nhiều hành vi phạm tội khác.