Sau sự kiện của phần phim đầu tiên, Sonic ở lại một mình ở Green Hills trong khi Tom và Maddie Wachowski đi nghỉ. Khi Doctor Eggman trở lại để tìm Master Emerald với sự giúp đỡ của Knuckles the Echidna, Sonic và người bạn mới Miles "Tails" Prower đã lên đường ngăn chặn anh ta.